ในปีศักราชอวกาศ 0093 ชาร์ อัสนาเบิล ผู้หายสาบสูญได้กลับมาฟื้นฟูกองทัพ เนโอ ซิออน และประกาศท้ารบต่อรัฐบาลสหพันธ์โลกที่เอาแต่เสวยสุขบนโลก โดยไม่ฟังเสียงเรียกร้องของชาวอาณานิคมอวกาศ โดยวางแผนทิ้งอุกกาบาตลงบนโลก เปลี่ยนแปลงสภาพอากาศให้เกิดยุคน้ำแข็งเทียมขึ้นโดยฝีมือตัวเอง ไม่ใช่เพียงแค่มนุษย์จะอาศัยอยู่บนโลกไม่ได้เท่านั้น แต่เหล่าคนบริสุทธิ์มากมายจะถูกกำจัดด้วยนำ้มือของชาร์

อามุโร่ เรย์ คู่ปรับแต่เก่าก่อนของชาร์ จึงต้องลุกขึ้นเผชิญหน้ากับความทะเยอทะยานของชาร์อีกครั้ง!